Nacional fue pionero en darle lugar al Fútbol Femenino en 1970, y actor fundamental en la creación de la Liga Amateur de Fútbol Femenino en noviembre de ese año.
Además ganó los primeros 5 campeonatos de la Liga entre 1971 y 1975.
Luego de varios años donde al fútbol femenino le costó afianzarse, en el año 1996 la AUF oficializó la competencia dentro del organismo, y Nacional salió Campeón del primer Campeonato Uruguayo en 1997.
Participó del primer Campeonato Sudamericano de Clubes del año 2000, organizado por la Federación Peruana de Fútbol (FPF) y patrocinado económicamente por la Conmebol.
Tras la llegada de la Copa Libertadores, Nacional logró clasificar y disputar las ediciones de 2011, 2012, 2013 y 2016, 2021 y 2023, logrando la actuación más destacada hasta el momento, con el 4o puesto de la Libertadores 2021.
En el año 2020 Nacional firmó los primeros contratos en el deporte con las jugadoras, dando un paso muy importante en el camino por profesionalizar la disciplina.
Además, se dispone de instalaciones exclusivas para el uso del fútbol femenino y se amplía el número de profesionales para trabajar en cada área, participando en todas las categorías juveniles (Sub19, Sub16, Sub14 en AUF y Sub13 y Sub11 en AUFI).
Actualmente Nacional lidera en casi todas las tablas del fútbol femenino uruguayo, tanto en Primera como en formativas.
